随着产前亲子鉴定技术和理论的日益成熟，能够在保证母子安全的同时做胎儿亲子鉴定。胎儿亲子鉴定有两个时间段，一般孕妇在怀孕8-13周，就可以采取绒毛样本，14周以后可采取羊水进行亲子鉴定。
无创亲子鉴定与胎儿亲子鉴定最大的区别就是：无创亲子鉴定不需要进行羊水穿刺，只需要抽取孕妇静脉血就可以了，所以相对来说比较安全，但是无创的费用是比较高的，通常在1万左右，而且是10-15天出鉴定结果。无创亲子鉴定和胎儿亲子鉴定的最佳时间都是差不多的。
绒毛、羊水的采集过程均由专业妇产科医生在可视b超的监控下进行，经孕妇小腹穿刺，从孕妇腹内取出来的，那取到的绒毛或羊水里面肯定会有孕妇自身的组织，血液等，也就是说绒毛和羊水里面会含有极少量的孕妇DNA，所以为了保证鉴定结果的准确性，一定要加入母亲样本进行检测，然后和胎儿DNA进行比对，以确认从绒毛或是羊水中提取到的DNA是真正的胎儿DNA，而不是孕妇自己的DNA，从而排除出错的可能性，提高了胎儿亲子鉴定的准确率。
胎儿亲子鉴定一般都是三个人一起做鉴定，胎儿亲子鉴定的准确率其实就是双亲鉴定的准确率了，一般25位点单亲准确率一般可达到99.999%，那双亲呢？一般可达到99.9999%，比单亲鉴定高一个数量级。所以胎儿亲子鉴定，其实质就是双亲亲子鉴定，只是胎儿样本比较特殊而已。
